Eine Baugenehmigung wird von der Bauaufsichtsbehörde erteilt, wenn der Bauantrag (oder der Bauänderungs- oder Abbruchantrag) im Baugenehmigungsverfahren akzeptiert wird. Das ist der Fall, wenn dem Bauvorhaben öffentlich-rechtliche Vorschriften nicht entgegenstehen. 
Erst wenn die Baugenehmigung vorliegt, darf mit den Bauarbeiten (einschließlich des Erdaushubs) begonnen werden. Dies darf nur dann früher geschehen, wenn bereits eine Teilbaugenehmigung vorliegt.
Die Baugenehmigung berücksichtigt nicht mögliche private Rechte Dritter. Ein Bauvorhaben kann trotz erteilter Baugenehmigung nach zivilrechtlichen Vorschriften unzulässig sein, wenn Gefahren oder unzumutbare Belästigungen von der Allgemeinheit nicht abzuwenden ist.
Vorschriften des privaten Nachbarrechts oder vertragliche Bindungen sind zu beachten. Beim vereinfachten Genehmigungsverfahren gilt die Baugenehmigung unter bestimmten Voraussetzungen als erteilt, wenn die Behörde innerhalb einer festgelegten Frist nicht widersprochen hat (siehe Bauanzeige).
Eine Baugenehmigung verliert nach einer bestimmten Zeit ihre Gültigkeit, wenn mit dem Bau nicht begonnen wird. Eine Abweichung von genehmigten Plänen bedarf der erneuten Zustimmung der Behörde. Baubeginn und ausführende Firma sind der Baubehörde zu melden, für die Genehmigung fallen Baugenehmigungsgebühren an.